Kostel je nejstarší jabloneckou stavbou, postaven byl v letech 1685 – 87.
Původně byl postaven bez věže, což značí, že dříve asi nebylo peněž nazbyt, věž byla přistavěna o 20 let později. Kostel byl mezi lety 1747-1890 přestavěn devětkrát. Zajímavostí jsou také kostelní hodiny, v roce 1863 byly nahrazeny staré hodiny se třemi ciferníky novými čtyřciferníkovými. Ty byly za novější zaměněny v minulém století. Naposledy byla změ­něna původní barokní fasáda na členitou novorenesanční, a tím kostel získal podobu, kterou známe dnes. Úpravy interiéru byly provedeny ve 20. letech minulého století, v 70. letech byla upravena fasáda a věžní střecha. Další opravy kostela svaté Anny byly zajištěny již s finanční účastí města a státu až v letech 1995 – 2002. K nejvýznamnějším patřila renovace dřevěných částí střešní konstrukce, spojená s obnovou břidlicové krytiny, tím se zamezilo protékání.  V roce 2004 přešel kostel do vlastnictví města a slouží ke konání mnoha kulturních akcí.